辛卯战役，是1651年清王朝对歼灭南明鲁监国政权的一次重要的战役。此役，朱以海的根据地被清军摧毁，兵力也受到极大损失，被迫南下依附郑成功。

1651年，清军着手部署大举进攻舟山，清浙闽总督陈锦、平南将军固山额真金砺、固山额真刘之源、提督田雄、浙江巡抚肖起元会商预定八月二十日三路会攻舟山。朱以海决定留荡胡侯阮进带领水师扼守定关海域，安洋将军刘世勋、都督张名扬、中镇总兵马泰等领兵三营防守舟山城；鲁监国和兵部侍郎张煌言、定西侯张名振分别率领军队乘船南北出击，企图使清军陷于顾此失彼的困境。

八月二十一日，陈锦、金砺、刘之源、田雄和定海总兵张杰率军乘潮蜂拥渡海。舟山群岛明军集合战船，由荡胡侯阮进统领迎敌。双方相遇激战于舟山横水洋。阮进被清军擒获，第二天因伤重而死。

清军就在当天下午进抵舟山登陆攻城。舟山城中的明军将领如安洋将军刘世勋、都督张名扬率领营兵五百名、义勇数千人背城力战。从八月二十二日激战至九月初一日，张名振麾下总兵金允彦和巡城主事邱元吉降清。

朱以海、张名振、张煌言、阮美、阮骏等人痛惜舟山失守，但已无可奈何，被迫移舟南下温州海域的三盘。顺治九年（1652）正月，郑成功同意鲁监国朱以海和部众进驻厦门。不久，朱以海被移往金门居住。

九月初二日，围城清军采取挖城竖梯战术，从舟山城西面突破明军防御，蜂拥入城。刘世勋、张名扬、马泰率领部下将士英勇巷战，力尽阵亡，舟山城失陷。明鲁监国正妃陈氏等投井而死，西宫妃荣氏和世子留哥被清军俘获；大学士张肯堂、礼部尚书吴钟峦、兵部尚书李向中、工部尚书朱永祐、通政使郑遵俭、兵科给事中董志宁、兵部职方司郎中朱养时等都自杀殉国。

清军攻占舟山后，留军戍守，结果被郑成功大批海师包围，明军收复了舟山群岛。顺治十三年（1656）八月二十二日，清宁海大将军宜尔德、提督田雄指挥满汉兵再次进攻舟山。明将阮骏等率部迎战。到二十六日，清军全力来攻；阮骏伤重而死，总制陈六御、总兵张洪德、张晋爵、李廷选、阮凯、姜英等阵亡，残余明军乘船逃往外洋。次日，清军在舟山登陆，占领群岛。为了防止明军卷土重来，清文武官员商议后决定把该岛城郭房屋全部拆毁，居民统统赶回大陆。

顺治十七年（1660）八月，在平西王吴三桂的请求下，清廷决定出兵缅甸，迫使交出明永历皇帝，并且摧毁在云南边境地区继续抗清的李定国军。内大臣一等公爱星阿被任为定西将军，率领满洲兵马赴滇，同吴三桂一道负责进军事宜。

永历十五年（1661）三月，郑成功率领2.5万将士，分乘几百艘战船从金门出发，准备夺取台湾为新根据地。同年八月十二日，缅王以饮咒水盟誓为名，杀害了永历朝42名大臣和太监；十二月初三，缅王迫于压力，将永历帝及其家属送交清军带回昆明。

永历十六年（1662）正月，台湾荷军向郑成功投降。四月十五日，永历帝与其子朱慈煊被吴三桂绞杀于昆明。